ริเริ่มก่อตั้งเมื่อปี พ.ศ.๒๕๓๓ โดย นาวาโท สมพงษ์  กลิ่นบุบผา ผู้บังคับกองพันทหารราบที่ ๒ ฯ ในขณะนั้น โดยใช้ชื่อว่า "บ้านเด็กเล็กค่ายตากสิน" โดยได้ใช้บ้านพักของทางราชการเป็นสถานที่ดำเนินการ

          วัตถุประสงค์
              ๑. เพื่อแบ่งเบาภาระของครอบครัว ในกรณีหัวหน้าครอบครัวต้องปฏิบัติราชการ และแม่บ้านต้องออกไปประกอบอาชีพเสริมรายได้นอกบ้าน หรือทำกิจกรรมภายในครัวเรือนจนไม่มีเวลาเลี้ยงดูบุตร
              ๒. เพื่อส่งเสริมบุคคลในครอบครัวข้าราชการที่มีความรู้ ความสามารถในการเป็นครู มีรายได้เพิ่มจากการเป็นครูสอน
             ๓. เพื่อสร้างพัฒนาการที่ดีแก่เด็กก่อนวัยเรียน ให้มีประสบการณ์พื้นฐานก่อนเข้ารับการศึกษาตามเกณฑ์

         การดำเนินงานของบ้านเด็กเล็กค่ายตากสินดังกล่าว ได้รับความสนใจจากผู้ปกครองที่จะนำบุตร - หลาน มาใช้บริการได้ทวีมากขึ้นตามลำดับ กองพัน ฯ จึงได้จัดหางบประมาณมาขยายกิจการโดยมีผู้ให้การสนับสนุน เช่น
         ๑. หม่อมหลวงจิตรศรี  ชมะนันท์  ประธานอนุกรรมการฝ่ายอำนวยการ ศูนย์พัฒนาบ้านเด็กเล็ก นย.
          ๒. แพทย์หญิง คุณหญิง นงนุช  ศิริเดช นายกสมาคมภริยาทหารเรือ
          ๓. คุณหญิง มัญชุมาศ  ห้าวเจริญ  นายกสมาคมภริยาทหารเรือ
          ๔. คุณหญิง เอื้อทิพย์  บุญทรง  นายกสมาคมภริยาทหารเรือ
          ๕. พันเอกหญิง คุณหญิง ทรรศนีย์  ปัจจุสานนท์  นายกสมาคมภริยาทารเรือ
          จากการช่วยเหลือจากผู้มีอุปการะคุณต่าง ๆ ทำให้กิจการขยายเติบโตขึ้น จนในปี ๒๕๔๐ ได้โอนเข้าเป็นส่วนหนึ่งของกิจการสวัสดิการภายในกองทัพเรือ และเมื่อวันที่ ๑๕ ธันวาคม ๒๕๔๑ ได้รับชื่อว่า "สถานรับเลี้ยงเด็กปฐมวัย กองทัพเรือ ๑๓"
            และได้ขยายสำนักงานและอาคารเรียน จนสามารถคืนสำนักงานชั่วคราวซึ่งเป็นบ้านพักของทางราชการคืนให้กับกองพัน ฯ ได้เมื่อปี ๒๕๔๘
             ในปัจจุบัน มีอาคารเรียน จำนวน  ๓ หลัง  มีห้องเรียน  ๖  ห้อง  บุคลากร ประจำศูนย์ทั้งสิ้น  ๑๙ คน